João Sérgio assinou o primeiro contrato profissional com o FC Porto e prolongou o vínculo que o liga ao clube. O jovem defesa de apenas 18 anos, capaz de fazer toda a ala direita, chegou ao FC Porto através da escola Dragon Force em 2016/17, mas começou na Associação Desportiva Ala-Arriba e também passou por Gafanha e SC Vista Alegre.

Depois de uma temporada nos Sub-15 do FC Porto (2017/18), com 26 jogos e três golos, João Sérgio representou o Padroense na época seguinte, regressando em 2019/20 para a equipa portista de Sub-17, na qual apontou um golo nos 18 jogos realizados. Na presente temporada, o defesa fixou-se no plantel dos Sub-19 e já foi utilizado por José Tavares na Taça Nacional de Juniores A.