Após a prestação histórica no Mundial de sub-21, surge a renovação de contrato: João Magalhães prolongou o vínculo que o liga ao FC Porto por mais quatro temporadas e vai continuar a vestir de azul e branco até 2029. 
 
Nascido há 18 anos em Vila Nova de Gaia, o ponta esquerda começou a dar cartas no clube local, atravessou a ponte com apenas 13 para representar os sub-16 e os sub-18 do FC Porto e só teve de esperar duas épocas para se estrear entre os graúdos: 25 dias após soprar as 15 velas, debutou e marcou ao Santo Tirso pela equipa B. 
 
Sempre a impor a qualidade à idade enquanto se desenvolvia a representar os sub-16, sub-17, sub-19, sub-20 e sub-21 de Portugal em competições internacionais, cumpriu mais uma época e meia nos “bês” azuis e brancos - com um saldo total de 109 golos em 34 jogos - antes de regressar ao FC Gaia na segunda metade de 2023/24. A produtividade teve seguimento - 22 remates certeiros em 15 partidas - e o regresso ditou uma nova fase de consolidação com oportunidades na equipa principal. 
 
A estreia frente ao Dom Fuas AC, a 27 de setembro de 2024, foi apenas o ponto de partida para uma porta que se abriu mais cinco vezes na época transata - novamente diante do Dom Fuas AC (2), mas também do Águas Santas (1) e do Avanca (1) no campeonato nacional, do Valur (1) na Liga Europeia e do Alavarium (12) na Taça de Portugal. Houve ainda espaço para marcar 86 golos em 25 embates ao serviço da equipa B e ajudar os sub-20 a sagrarem-se campeões nacionais. 
 
O destaque prolongou-se na Polónia, onde, ao serviço da seleção nacional de sub-21, foi eleito Homem do Jogo em dois encontros do Mundial em que Portugal só perdeu na final frente à Dinamarca e atingiu o melhor resultado de sempre. A primeira distinção surgiu após ter marcado cinco golos à Argélia, ainda na fase de grupos, e a segunda na sequência dos sete golos em tantos remates frente ao Japão na Main Round. Nos oito encontros que disputou na competição, levou a bola até às redes adversárias em 21 ocasiões, números que lhe valeram a confiança do selecionador Carlos Martingo e a renovação de contrato com o FC Porto.